解题思路：染色体组是指一组非同源染色体，形态、功能各不相同，携带着控制生物生长发育的全部遗传信息．一个染色体组不能有同源染色体．
从图中分析可知，果蝇有四对同源染色体，其中三对常染色体和一对性染色体病．
A、根据染色体组的概念判断，果蝇的一个染色体组含有的染色体是Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、X（或Y），A错误；
B、果蝇的基因组含有Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、X、Y，B错误；
C、若Ⅲ号的一条染色体上有A基因，则Ⅲ号的另一条染色体的相同位置上的基因为A或a，C错误；
D、性染色体上的基因都是伴随性染色体的遗传而传递给后代的，所以性染色体上的基因往往与性别相关联，D正确．
故选：D．
点评：
本题考点： 伴性遗传．
考点点评： 本题的知识点是基因的位置和遗传特点，染色体的组成，主要考查学生对基本概念之间关系的理解和记忆．