同源重组是由DNA序列的同源性所引导,而位点专一性重组是在结合序列部位由专一的酶来催化断裂重接.同源重组是由能与RecA蛋白结合的DNA序列随机断裂引发,而位点专一性重组则是由能使相应酶出现的调节过程所引发的.