解题思路：根据题意分析可知：群体中基因型为AA、Aa、aa的个体分别有2000个，2000个和6000个，则A基因的频率为（2000×2+2000×1）÷[（2000+2000+6000）×2]=0.3，a基因的频率为1-0.3=0.7．
由于基因型为AA、Aa、aa的个体生存能力、繁殖能力相同，在繁衍两代过程中没有淘汰，所以基因的频率没有发生改变．因此，群体中的A基因在初始时的频率和繁衍两代后的频率都是0.3．
故选：B．
点评：
本题考点： 基因频率的变化．
考点点评： 本题考查基因频率的相关知识，意在考查学生的识记能力和判断能力，属于基础题，难度不大．解题的关键是理解生物进化的实质是基因频率的改变．