解题思路：阅读题干可知，该题的知识点是基因的分离定律和自由组合定律，梳理基因的分离定律和自由组合定律的实质，然后结合题干信息进行解答．
基因型为Rr个体自交，性状表现有2种，遗传因子的组合形式有3种；基因型为Yy个体自交，性状表现有2种，遗传因子的组合形式有3种；
因此遗传因子组合为RrYy的水稻自交，其子代中的性状表现是2×2=4种，遗传因子组合形式是3×3=9种．
故选：D．
点评：
本题考点： 性状的显、隐性关系及基因型、表现型．
考点点评： 对于基因分离定律和自由组合定律之间关系的理解是解题的关键．