解题思路：A、水由水分子构成、氢气由氢气分子构成；
B、铁由铁原子直接构成、氧气由氧气分子构成；
C、氯化钠由钠离子和氯离子构成、铜直接由原子构成；
D、氯化钠由钠离子和氯离子构成、水由水分子构成．
A、水、氢气，这两种物质都是由分子构成的，故A正确；
B、铁由铁原子直接构成、氧气由氧气分子构成，则“铁、氧气”不都是由分子构成的，故B错误；
C、“氯化钠、铜”不是由分子构成的，前者由离子构成，后者由原子构成，故C错误；
D、“氯化钠、水”不都是由分子构成的，前者由离子构成，故D错误．
故选A．
点评：
本题考点： 分子、原子、离子、元素与物质之间的关系．
考点点评： 了解分子、原子、离子、元素与物质之间的关系；了解物质的组成和物质的构成．