解题思路：基因工程的基本操作步骤主要包括四步：①目的基因的获取；②基因表达载体的构建；③将目的基因导入受体细胞；④目的基因的检测与鉴定．其中构建基因表达载体是基因工程的核心步骤，需要限制酶和DNA连接酶．植物组织培养技术包括脱分化和再分化两个重要过程，而决定植物脱分化和再分化的关键因素是植物激素的种类和比例，特别是生长素和细胞分裂素的协同作用在组织培养过程中非常重要．
（1）转基因过程中构建基因表达载体时，首先需要用限制酶切割含有目的基因的外源DNA分子和质粒，然后需要用DNA连接酶将目的基因和质粒连接形成重组质粒．
（2）质粒是基因工程中最常用的运载体，其本质是双链环状DNA分子，因此质粒的基本组成单位是脱氧核苷酸．
（3）将目的基因（耐淹基因）导入植物细胞最常用的方法是农杆菌转化法．
（4）在基因工程中使用标记基因的目的是筛选出含有目的基因的受体细胞；鉴定培育出的高产耐水淹水稻植株，最直接的方法是从个体水平上检测其是否抗水淹．
（5）在植物组织培养的再分化过程中，为防止感染，器皿、培养基与植物组织等必须进行灭菌、消毒处理．决定植物脱分化和再分化的关键因素是植物激素的种类和比例，特别是生长素和细胞分裂素的协同作用在组织培养过程中非常重要．生长素浓度大于细胞分裂素浓度时，将诱导愈伤组织出根．
（6）蛋白质工程是在分子水平上通过改造基因来实现对蛋白质的改造的，因为改造基因易于操作且改造后能够遗传．
故答案：（1）限制性内切酶、DNA连接酶（2）运载体脱氧核苷酸
（3）农杆菌转化法
（4）筛选出含有目的基因（或重组DNA分子）的受体细胞检测是否抗水淹
（5）灭菌、消毒大于（6）改造基因易于操作且改造后能够遗传
点评：
本题考点： 基因工程的应用；蛋白质工程；植物培养的条件及过程．
考点点评： 本题综合考查基因工程、植物细胞工程和蛋白质工程的相关知识，意在考查考生的识记能力和理解所学知识要点，把握知识间内在联系，形成知识网络的能力．