解题思路：生物学家根据生物之间的相似程度，把它们分成不同的等级，生物的分类单位从大到小依次以界、门、纲、目、科、属、种，生物所属的等级越大，生物之间的亲缘关系越远，共同特征越少；生物所属的等级越小，生物的亲缘关系越近，共同特征越多．据此解答．
A、肾蕨属于蕨类植物，水绵属于藻类植物，香菇属于真菌，不是植物，可见其亲缘关系较远，共同特征较少，细胞结构的相似度低．不符合题意．
B、酵母菌、灵芝属于真菌，豌豆属于植物．可见其亲缘关系较远，共同特征较少，细胞结构的相似度低．不符合题意．
C、小麦、番茄、大豆属于种子植物门，亲缘关系较近，共同特征较多，细胞的相似度高．符合题意．
D、水稻属于种子植物，葫芦藓属于苔藓植物，大肠杆菌属于细菌，不是植物，可见其亲缘关系较远，共同特征较少，细胞结构的相似度低．不符合题意．
故选：C
点评：
本题考点： 生物的分类及分类单位．
考点点评： 这部分内容在考试中时常出现，注意理解和掌握，并能灵活答题．