解题思路：生物进化的实质是种群基因频率的改变，基因频率改变的原因有很多，如：基因突变、自然选择、遗传漂变、迁移等；在生物进化过程中，适者生存，不适者淘汰；共同进化是指不同物种之间、生物与无机环境之间在相互影响中不断进化和发展．
A、生物进化的实质是种群基因频率的改变，基因频率改变的原因有很多，如：基因突变、自然选择、遗传漂变、迁移等，不仅只有突变，A错误；
B、生物进化的实质是种群基因频率的改变，因此进化时基因频率总是变化的，B正确；
C、适应环境的变异个体才能生存，只有少数个体能够生存下来，C错误；
D、生物进化的基本单位是种群，不是个体，D错误．
故选：B．
点评：
本题考点： 生物进化与生物多样性的形成；基因频率的变化．
考点点评： 本题有一定的难度，要求学生对现代生物进化理论有一定的知识储备，属于对识记、理解层次的考查．