1,为进行分离,可以根据样品的组分将流动相和固定相的组合最佳化.如果熟悉液相色谱,这是非常有利的,但对初学者来说,这是困难的.
2,适用样品范围广,80%的分析对象可借此法分析.
3,可以使用高效的分离柱,易于分离复杂的多组分混合物.
4,把被分离的组分溶解在流动相中,可以全部回收之.
5,可以使用多种非破坏性高灵敏度和选择性的检测器,把几种检测器串联起来,根据其对应特性,获取与定性有关的重要信息.
6,只能检测从色谱柱流出的组分.
7,由于没有通用型高灵敏度检测器,所以在分析未知混合物而没有色谱峰的时候,无法确定其原因是分离条件不合适,还是检测器没有响应.
8,采用尺寸排斥色谱法时,从低分子到高分子的样品全部流出,而且流出顺序是从高分子量开始,故可根据保留容量推测分子量,最适于做未知样品的组成分析.
9,测定精度好.因为注入精度比气相色谱好,故可以用绝对工作曲线.
10,虽然示差折光检测器为通用型检测器,但和气相色谱的热导检测器和氢火焰检测器相比,由于化合物之间的响应不同,所以用峰面积百分数求由多种化合物组成的混合物时问题较多.
11,要限制色谱柱的使用条件（温度、压力、流动相等）.而且与气相色谱相比,性能随时间的变化较大.必须定期用标准品在标准条件下检查色谱柱的性能.若按照不同的样品对象,固定使用色谱柱,对色谱柱的寿命是有利的.
12,制作色谱柱需要特殊装置和专门技能.
13,与气相色谱法相比,由于共存物质对分离的影响小,易于制备分析样品.
14,柱外死体积对色谱柱的性能有重大的综合性影响,而且连接方法依仪器制造厂而异.