解题思路：（1）由四边形ABCD为正方形，得到AB=AD，∠B=∠D=90°，DC=CB，由E、F分别为DC、BC中点，得出DE=BF，进而证明出两三角形全等；
（2）首先求出DE和CE的长度，再根据S△AEF=S正方形ABCD-S△ADE-S△ABF-S△CEF得出结果．
（1）证明：∵四边形ABCD为正方形，
∴AB=AD，∠D=∠B=90°，DC=CB，
∵E、F为DC、BC中点，
∴DE=[1/2]DC，BF=[1/2]BC，
∴DE=BF，
在△ADE和△ABF中，
AD＝AB
∠B＝∠D
DE＝BF，
∴△ADE≌△ABF（SAS）；
（2）由题知△ABF、△ADE、△CEF均为直角三角形，
且AB=AD=4，DE=BF=[1/2]×4=2，CE=CF=[1/2]×4=2，
∴S△AEF=S正方形ABCD-S△ADE-S△ABF-S△CEF
=4×4-[1/2]×4×2-[1/2]×4×2-[1/2]×2×2
=6．
点评：
本题考点： 正方形的性质；全等三角形的判定与性质．
考点点评： 本题主要考查正方形的性质和全等三角形的证明，解答本题的关键是熟练掌握正方形的性质以及全等三角形的判定定理，此题难度不大．