解题思路：ATP由1分子核糖、1分子腺嘌呤和3分子磷酸组成，染色体主要由蛋白质和DNA组成，磷脂的组成元素是C、H、O、N、P，质粒的本质是DNA，组成元素是C、H、O、N、P；酶的本质是蛋白质或RNA，细胞内的水主要以自由水和结合水的形式存在．
A、ATP中的五碳糖是核糖，染色体中的五碳糖是脱氧核糖，A错误；
B、磷脂的组成元素是C、H、O、N、P，质粒的本质是DNA，组成元素是C、H、O、N、P，二者元素组成是相同的，B正确；
C、酶的基本组成单位是氨基酸或核糖核苷酸，C错误；
D、细胞内的自由水是良好的溶剂和生物体内物质运输的主要介质，D错误．
故选：B．
点评：
本题考点： ATP的化学组成和特点；脂质的组成元素；水在细胞中的存在形式和作用；酶的概念．
考点点评： 本题的知识点是ATP的化学组成，染色体的组成成分，磷脂的组成元素，酶的本质，细胞内水的存在形式和作用，对于相关知识点的记忆和综合应用是解题的关键．