这两个说法并不矛盾.
1）分子是保持物质化学性质的最小微粒,这句话的含义就是说,物质的化学性质是停留在分子层面上的,组成物质的任意一个分子都能够体现出宏观世界中该物质的化学性质.
2）原子的性质,特别是化学性质,有原子最外层电子数决定.物质是由分子构成的,但分子是由原子构成的.这并不意味着原子就没有化学性质了.原子所体现的化学性质并不是宏观世界中物质的化学性质,而是原子本身的化学性质,这两个化学性质所属者是不同的,并且两者之间没有必然的联系.原子的化学性质,一般来说可以认为是该原子最外层得失电子的能力.