我理解楼主的问题是这个样子.在连接之后的筛选其实是分两步的.第一步是筛选出含有载体标记基因的连接产物,这样的产物可能有载体-目的基因连接和载体-载体连接,利用的一般是载体上的标记基因的抗性培养（一般的标记基因是抗四环素或者是抗氨苄青霉素基因,只要用四环素或者是氨苄青霉素的培养基就可以了）.第二步是筛选出载体-目的基因,在上一步的培养基上挑菌,扩大培养之后,再接种的目的基因的培养基上,从而筛选出阳性克隆就可以了（这一步常用的、比较简单的方法就是蓝白板的筛选）.所以即使有载体-载体的连接物,也是会被在第二步筛选掉得.
载体自连的概率其实不小,因为这是一个宏观统计的问题,况且一般的载体都要比目的基因大很多,楼主应该一想就会明白.所以在实验中一般采用的是用两种不同的内切酶处理切口,这样就限定了连接的顺序和方向,减少了无用的连接产物.
楼主如果还有疑问还可追问,小的尽量帮忙解答.O(∩_∩)O~
楼主加油!