解题思路：根据化学反应的微观模拟示意图，分析微粒的构成及微粒的性质，根据反应的特点判断反应的类型．
A、由反应前后微粒的变化可知，原子在化学反应中没有再分，在化学变化中原子是最小的粒子；故A正确；
B、反应前的两种分子由同种原子构成，反应后的分子由不同种原子构成，分子由原子构成反应前后的；故B正确；
C、由化学反应的微观模拟示意图可知，该反应由两种物质生成了一种物质，属于化合反应；故C不正确；
D、由物质的微观构成可以看出，分子之间都存在一定间隔；故D正确．
故选：D．
点评：
本题考点： 微粒观点及模型图的应用；反应类型的判定．
考点点评： 分子由原子构成，构成相同的分子为同种物质的分子，构成不同的分子为不同种物质的分子，同种原子构成的分子为单质分子．