抗虫转基因作物的长期种植,若害虫不能产生抗性则可能转移寄主植物,从而到没有抗虫基因的作物上继续危害（最近看到的一篇报道说道的,具体文献没去找）,而此时次生害虫可能大爆发,造成严重损失；同时,转基因作物的危害尚无定论,存在比较大的生态安全隐患.
而生物防治一般不容易产生抗性,不存在生态安全隐患；而且生物防治中的动物源（以虫治虫）、微生物源（以菌治虫）等在田间自然种群形成后可以达到长期控害的效果.
抗虫转基因植物能杀灭害虫,与农药防治相比有很多优点,但与生物防治相比存在哪些缺点
抗虫转基因作物的长期种植,若害虫不能产生抗性则可能转移寄主植物,从而到没有抗虫基因的作物上继续危害（最近看到的一篇报道说道的,具体文献没去找）,而此时次生害虫可能大爆发,造成严重损失；同时,转基因作物的危害尚无定论,存在比较大的生态安全隐患.
而生物防治一般不容易产生抗性,不存在生态安全隐患；而且生物防治中的动物源（以虫治虫）、微生物源（以菌治虫）等在田间自然种群形成后可以达到长期控害的效果.