解题思路：此题考查的是探究实验的环节和要求，探究实验一般是对照实验，即唯一变量实验．
（1）探究实验中，结论、假设最好一致．依据该同学得出的结论：果皮对果实内部有保护作用．因此假设是果皮对果实内部有保护作用即果皮能阻止细菌侵入．实验中所探究的问题就是变量，因此变量就是果皮的完整性．
（2）生物探究实验是对照试验，该同学所设计的实验方案有一处明显缺陷，没有设计对照实验；取一个果皮完整的苹果，用水冲洗干净后，封入塑料袋，与装有被划破果皮的苹果的塑料袋同时放入恒温箱中．
故答案为：
（1）果皮对果实内部有保护作用即果皮能阻止细菌侵入；果皮的完整性
（2）没有设置对照实验．取一个果皮完整的苹果，用水冲洗干净后，封入塑料袋，与装有被划破果皮的苹果的塑料袋同时放入恒温箱中．
点评：
本题考点： 科学探究的基本环节．
考点点评： 生物探究实验一般是对照实验．只有一个变量，其它量皆相同．实验中所探究的问题就是变量，结论、假设和问题具有相似性．