光镜下观察,各种组织和器官中的毛细血管结构相似,但在电镜下,根据内皮细胞等的结构特点,可以将毛细血管分为三型.
1．连续毛细血管
连续毛细血管（continuous capillary）的特点为内皮细胞相互连续,细胞间有紧密连接等连接结构,基膜完整,细胞质中有许多吞饮小泡.连续毛细血管分布于结缔组织、肌组织、肺和中枢神经系统等处.肺和中枢神经系统内的毛细血管内皮细胞甚薄,含吞饮小泡较少.
2．有孔毛细血管
有孔毛细血管（fenestrated capillary）的特点是,内皮细胞不含核的部分很薄,有许多贯穿细胞的孔,孔的直径一般为60～80nm.许多器官的毛细血管的孔有隔膜封闭,隔膜厚4～6nm,较一般的细胞膜薄.内皮细胞基底面有连续的基板.此型血管主要存在于胃肠粘膜、某些内分泌腺和肾血管球等处.肾血管球的内皮细胞的孔没有隔膜.
3．血窦 血窦（sinusoid）
或称窦状毛细血管（sinusoid capillary）,管腔较大,形状不规则,主要分布于肝、脾、骨髓和一些内分泌腺中.血窦内皮细胞之间常有较大的间隙,故又称不连续毛细血管（discontinuous capillary）.不同器官内的血窦结构常有较大差别,某些内分泌腺的血窦,内皮细胞有孔,有连续的基板；有些器官如肝的血窦,内皮细胞有孔,细胞间隙较宽,基板不连续或不存在.脾血窦又不同于一般血窦,其内皮细胞呈杆状,细胞间的间隙也较大.