大沟（major groove）和小沟（minor groove）:绕B-DNA双螺旋表面上出现的螺旋槽（沟）,宽的沟称为大沟,窄沟称为小沟.大沟,小沟都、是由于碱基对堆积和糖-磷酸骨架扭转造成的.
根据DNA结构可分为：（1）左旋：Z-DNA（2）：右旋：A-DNA和B-DNA.
B-DNA：为Watson&Click提出的右手螺旋模型,每圈螺旋10个碱基,螺旋扭角为36度,螺距34A,每个碱基对的螺旋上升值为3.4A,碱基倾角为-2度.
A-DNA：为右手螺旋,每圈螺旋10.9个碱基,螺旋扭角为33度,螺距32A,每个碱基对的螺旋上升值为2.9A,碱基倾角为13度.