解题思路：由“在不同的温度条件下培育具有相同基因组成的棒眼果蝇”及表格信息知基因型相同，表现型不一定相同，表现型是基因型和环境共同作用的结果．由表中数据可推测：果蝇复眼中的小眼数与温度相关，纵向比较可推出果蝇复眼的小眼数受到温度和性别的影响．影响小眼数目的根本因素应该是遗传物质．
A、表现型受温度的影响，也和性别有关，但不一定影响的是基因的转录过程，A错误；
B、表中数据可知，温度越高，小眼的数目越少．纵向比较可知在相同温度下，不同性别的果蝇复眼的小眼数也不同，可推知温度和性别对复眼中的小眼数目是有影响的，B正确；
C、由表中信息知：影响小眼数目的外界因素是温度，但不能说只是温度，C错误；
D、温度和性别对复眼中的小眼数目是有影响的，但不是根本因素，根本因素是基因，但这里基因相同，D错误．
故选：B．
点评：
本题考点： 基因与性状的关系．
考点点评： 考点：本题考查基因型、表现型、环境三者间的关系，意在考查用文字、图表以及数学方式等多种表达形式准确地描述生物学方面的内容和思维分析、判断能力．