首先说一下strike a note / strike some notes的含义,strike a false note意为“说错话”,而strike some sour notes直译应该是“说了酸（苦涩）的话”.从这个角度来说理解成“言语中有敌意”好像还说得通.
但结合上下文来看的话,But Pitt has struck some sour notes.一句奇的是承上启下的作用.上段最后一句说到“Pitt的话外音就是‘我们会对上市公司的高管们更严格.’”,而紧接着的这一段描述的都是Pitt在和国会山沟通上的失策导致他的计划的破产.作为这两个意群之间的连接,我觉得还是翻成“说错了话并导致苦果”这个含义来的恰当.
至于over,prefer sth.to sth.和one's preference for sth.over sth.的意思相同,都是对某物比对另一物更喜爱（倾向）.