解题思路：物体的内能就是组成该物体的所有分子热运动动能的和所有分子势能的总和；做功和热传递在改变内能的方式上是不同的，效果是相同的；
根据热力学第二定律，熵只会增加，一切自然过程总是向分子热运动的无序性增大的方向进行；第二类热机是不可能制成的．
A、物体的内能就是组成该物体的所有分子热运动动能的和所有分子势能的总和．故A错误；
B、做功是把其他形式 的内转化为内能，而热传递是一个物体的内能转移到另一个物体，是内能的转移，它们在改变内能的方式上是不同的．故B正确；
C、根据热力学第二定律，一切自然过程总是向分子热运动的无序性增大的方向进行；第二类热机是不可能制成的．故C错误；
D、一切“自然过程”总是向分子热运动的无序性增大的方向进行，而不是所有的物理过程．故D错误．
故选：B
点评：
本题考点： 热力学第二定律；改变内能的两种方式．
考点点评： 该题考查到热学中的多个知识点，多是记忆性的知识点，只有对热力学第二定律的理解在该题中有一定的难度．属于易错题目．