一、医药领域（胰岛素、抗生素 等等）二 食品领域 三 工农业领域
1.微生物在工业生产中的应用
工业包括重工业和轻工业两大门类,轻工业生产中的很大一部分就是微生物生产,还有一部分虽不能算微生物生产,但也有微生物的参与.
1.1发酵工业就是微生物生产的行业.（食品领域）
发酵工业是轻工业中重要的一个行业,其产品包括（1）所有的抗生素类药品、微生素类药品、绝大部分激素类产品和其他转基因类药品和疫苗；（2）酱、醋、酒、酱油、味精等日常生活用品.
1.2微生物在轻纺工业中的应用
植物轻纺是利用植物的纤维素,动物轻纺则利用动物蛋白质,但植物和动物的原料都不仅仅含纤维素和蛋白质,还含有其他物质,去除这些不需要物质的最简单、最经济的方法就是微生物降解法.
1.3微生物在环保工业中的应用
工农业生产和人类生活中产生的一些物质由于其分子量太大不能参加生物小循环而成为污染物,这些污染物通过微生物的降解成为小分子进入生物小循环,污染物就变成了资源.例如分解利用分解塑料的细菌分解塑料.
2微生物在农业生产中的应用
2.1生物固氮
利用固氮微生物进行生物固氮,既能减少生产投入,又能避免环境污染,且能提高作物产量.
2.2生物农药
利用能够导致农业害虫至病或者分泌物能直接毒死害虫的微生物,减少害虫对农作物的危害,成本低且能维持生态平衡.
2.3食用菌生产
食用菌是一类能够为人类直接食用的微生物,农民通过一定的程序大规模培育这种微生物,为人类提供营养丰富的食品.
2.4生物肥料
生物肥料是通过微生物生产的一种农用肥料,俗称农家肥,是绿色食品生产所采用的主要肥料.