解题思路：A、水分子很小，用肉眼或光学显微镜不能直接观察；
B、天然水里有微生物，不能直接饮用；
C、天然水本身具有一定的自净能力；
D、洗菜、洗衣服的水用来冲厕所，属于一水多用，可以节约用水．
A、水分子很小，用肉眼或光学显微镜不能直接观察，故A正确；
B、天然水里有微生物，不能直接饮用，故B错误；
C、天然水本身具有一定的自净能力，故C正确；
D、洗菜、洗衣服的水用来冲厕所，属于一水多用，可以节约用水，故D正确．
故选：B．
点评：
本题考点： 水资源的污染与防治；分子的定义与分子的特性；保护水资源和节约用水．
考点点评： 此题考查水的一些特性，会结合相关知识进行分析解答，是属于简单题目．