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这是关于宾语从句的语序问题.
宾语从句要用陈述语序（主语--谓语--宾语）,这是英语语法的要求,what is wrong with sb/what is the matter with sb 句型,也是符合这个要求的.在这两个句型中,主语是what,谓语分别是is wrong 和 is the matter.它们既是疑问语序,也是陈述语序,只不过人们对它们的认识,厚前而薄后而已.
就楼主的两个句子来看,并没有违反以上的语法要求.其中,句子“The police were seeking more information to find out who it was that killed the rich merchant.中,宾语从句是 “who it was”,它的主语是it,谓语（准确地应叫表语）是was.楼主也许错把who当作了主语,导致了疑惑.
如此看来,句子的成分对英语学习者非常重要.