解题思路：A、根据物质构成的基本粒子考虑；
B、根据原子在化学变化中的变化情况考虑；
C、根据决定元素种类的是质子数考虑；
D、根据原子的结构考虑，注意氢原子的特殊性．
A、有的物质是由分子直接构成，有的物质是由原子直接构成有的物质是由离子直接构成，故A错；
B、在化学变化中分子分成原子，原子再重新组合成新的分子，原子是化学变化中最小的微粒，故B正确；
C、决定元素种类的是质子数，碳-12原子和碳一13原子都是碳元素，质子数相同，中子数不同，故C错；
D、构成原子的基本微粒是质子、中子和电子，但有的原子没有中子，如氢原子，故D错．
故选B．
点评：
本题考点： 原子的定义与构成；分子和原子的区别和联系．
考点点评： 解答本题关键是要知道分子和原子的特点、区别，了解构成物质的基本粒子