解题思路：根据分子和原子的区别和联系分析解答，分子原子的本质区别在化学变化中是否再分．分子和原子基本性质相同．
钠离子是钠原子失去一个电子后形成，质子数（核电荷数）不变；分子和原子都是构成物质的微粒，基本性质相同，都很小，都不断运动，微粒之间都有间隔；二者本质区别是分子在化学变化中可以再分，原子在化学变化中不能再分；
故答案为：（1）质子数（核电荷数）；A：分子；B：原子；（2）在化学反应中可分；（3）都是构成物质的基本粒子；（4）在化学反应中不可分．
点评：
本题考点： 单质和化合物的概念；原子和离子的相互转化．
考点点评： 明确分子和原子的区别与联系是解答本题的关健．