解题思路：组织是由许多形态相似结构功能相近的细胞联合在一起形成的细胞．植物的组织有保护组织、输导组织、营养组织、机械组织和分生组织．保护组织，具有保护功能，分布在叶、茎和果实的表面的表皮；探究实验在生物实验中又叫对照实验．只有一个变量，其它量皆相同．实验中所探究的问题就是变量，结论、假设和问题具有相似性．
（1）探究实验中，结论、假设和问题具有相似性． 题目中该同学得出的结论是果皮对果实内部有保护作用，因此该同学提出的问题是：果皮对果实内部有保护作用吗？
（2）探究实验中，结论、假设最好一致．题目中该同学得出的结论是果皮对果实内部有保护作用．因此假设是果皮对果实内部有保护作用，也可以假设果皮对果实内部没有保护作用．
（3）实验中所探究的问题就是变量，题目中所探究的问题是果皮的保护作用，因此变量就是果皮的有无，或者果皮的完整性．
（4）生物探究实验是对照试验，即唯一变量，该同学所设计的实验方案有一处明显缺陷，没有设计对照实验；取一个果皮完整的苹果，封入塑料袋，与装有被划破果皮的苹果的塑料袋同时放入恒温箱中．
答：（1）题目中该同学得出的结论是果皮对果实内部有保护作用，因此该同学提出的问题是：果皮对果实内部有保护作用吗？
（2）探究实验中，结论、假设最好一致．依据该同学得出的结论．因此假设是果皮对果实内部有保护作用．
（3）实验中所探究的问题就是变量，因此变量就是果皮的完整性．
（4）生物探究实验是对照试验，该同学所设计的实验方案有一处明显缺陷，没有设计对照实验；取一个果皮完整的苹果，封入塑料袋，与装有被划破果皮的苹果的塑料袋同时放入恒温箱中．故答案为：
（1）果皮对果实内部有保护作用吗；
（2）果皮对果实内部有保护作用；
（3）果皮的完整性（或果皮能阻止细菌侵入果皮的完整性）；
（4）没有设计对照实验；取一个果皮完整的苹果，封入塑料袋，与装有被划破果皮的苹果的塑料袋同时放入恒温箱中．
点评：
本题考点： 植物的几种主要组织及功能；科学探究的基本方法．
考点点评： 本题主要考查了探究实验的基本环节、方法特点和要求．