解题思路：蛋白质工程的过程：（1）根据中心法则逆推以确定目的基因的碱基序列：预期蛋白质功能→设计预期的蛋白质结构→推测应有氨基酸序列→找到对应的脱氧核苷酸序列（基因）．（2）最终还是回到基因工程上来解决蛋白质的合成．
合成自然界不存在的蛋白质属于蛋白质工程，应根据蛋白质功能，从设计蛋白质结构入手，然后通过基因修饰或基因合成，对现有蛋白质进行改造，或制造出一种新的蛋白质．
故选：A．
点评：
本题考点： 蛋白质工程．
考点点评： 本题知识点简单，考查蛋白质工程的相关知识，要求考生识记蛋白质工程的概念，明确蛋白质工程能合成自然界不存在的蛋白质；识记蛋白质工程的过程，明确蛋白质工程是从设计蛋白质结构入手，再选出正确的答案即可．