解题思路：DNA分子结构的主要特点：DNA是由两条反向平行的脱氧核苷酸长链盘旋而成的双螺旋结构；DNA的外侧由脱氧核糖和磷酸交替连接构成的基本骨架，内侧是碱基通过氢键连接形成的碱基对，碱基之间的配对遵循碱基互补配对原则（A-T、C-G）．
A、每个DNA分子中一般都会含有四种脱氧核苷酸，A正确；
B、DNA分子的基本组成单位是脱氧核苷酸，每分子脱氧核苷酸由一分子脱氧核糖、一分子磷酸和一分子含氮碱基组成，因此每个DNA分子中，都是碱基数=磷酸数=脱氧核苷酸数=脱氧核糖数，B正确；
C、双链DNA分子中，碱基之间的配对遵循碱基互补配对原则，且互补配对的碱基数目相等，因此双链DNA分子的一段，若含有40个腺嘌呤就一定会同时含有40个胸腺嘧啶，C正确；
D、在DNA分子中，一个脱氧核糖可连接一个含氮碱基和两个磷酸，D错误．
故选：D．
点评：
本题考点： DNA分子结构的主要特点．
考点点评： 本题考查DNA分子结构的主要特点，要求考生识记DNA分子结构的主要特点，掌握碱基互补配对原则及其应用，能结合所学的知识准确判断各选项，属于考纲识记和理解层次的考查．