蛋白质工程的基本流程简述如下：筛选纯化需要改造的目的蛋白,研究其特性常数等；制备结晶,并通过氨基酸测序、X射线晶体衍射分析、核磁共振分析等研究,获得蛋白质结构与功能相关的数据；结合生物信息学的方法对蛋白质的改造进行分析；由氨基酸序列及其化学结构预测蛋白质的空间结构,确定蛋白质结构与功能的关系,进而从中找出可以修饰的位点和可能的途径；根据氨基酸序列设计核酸引物或探针,并从cDNA文库中获取编码该蛋白的基因序列；在基因改造方案设计的基础上,对编码蛋白质的基因序列进行改造,并在不同的表达系统中表达；分离纯化表达产物,并对表达产物的结构和功能进行检测等.