解题思路：根据动能定理判断动能的变化量，结合电场力做功与电势能的关系判断电势能的变化．
一个电荷只在电场力作用下从电场中的A点移到B点时，电场力做了5×10-6J的功，根据动能定理知，动能增加了5×10-6J，由于A处的动能位置，无法确定B处的动能．
根据电场力做功与电势能的关系知，电势能减小了5×10-6J，由于A处的电势能未知，则无法确定在B处的电势能．故C正确，A、B、D错误．
故选：C．
点评：
本题考点： 电势差与电场强度的关系；电势能．
考点点评： 解决本题的关键掌握电场力做功与电势能的关系，电场力做正功，电势能减小，电场力做负功，电势能增加．