在个体发育中,细胞后代在形态结构和功能上发生稳定性的差异的过程称为细胞分化（cellular differentiation）.
细胞分化是同一来源的细胞逐渐发生各自特有的形态结构、生理功能和生化特征的过程.其结果是在空间上细胞之间出现差异,在时间上同一细胞和它以前的状态有所不同.细胞分化是从化学分化到形态、功能分化的过程.
从分子水平看,细胞分化意味着各种细胞内合成了不同的专一蛋白质（如水晶体细胞合成晶体蛋白,红细胞合成血红蛋白,肌细胞合成肌动蛋白和肌球蛋白等）,而专一蛋白质的合成是通过细胞内一定基因在一定的时期的选择性表达实现的.因此,基因调控是细胞分化的核心问题.