解题思路：生物多样性的层次包括遗传多样性、物种多样性和生态系统多样性．
A、遗传多样性由物种内的基因多样性决定，即碱基对的排列顺序是千变万化的；A正确．
B、遗传多样性决定物种多样性；B错误．
C、生态系统多样性是指生物圈内生境、生物群落和生态过程的多样性；C正确．
D、物种多样性与生态系统多样性主要是生物的不定向变异与定向选择在进化过程中共同作用的结果；D正确．
故选：B．
点评：
本题考点： 生物多样性保护的意义和措施．
考点点评： 本题考查生物多样性层次的相关知识，意在考查考生能理解所学知识的要点，把握知识间的内在联系，形成知识的网络结构．