解题思路：1、生物变异包括可遗传变异和不可遗传变异；2、可遗传变异包括基因突变、基因重组和染色体变异，这三者均能为生物进化提供原材料，其中基因突变能产生新基因，是生物变异的根本来源．．
A、基因突变能产生新基因，是生物变异的根本来源，能为生物进化提供原材料，A正确；
B、等位基因分离没有产生变异，不能为生物进化提供原材料，B错误；
C、基因互换属于基因重组或染色体变异，能为生物进化提供原材料，但是基因突变才是生物变异的根本来源，C错误；
D、基因的作用组合属于基因重组，能为生物进化提供原材料，是生物变异的重要来源，D错误．
故选：A．
点评：
本题考点： 基因突变的特征．
考点点评： 本题考查基因突变的特征的相关知识，意在考查学生的识记能力和判断能力，运用所学知识综合分析问题和解决问题的能力．