与电负性大的原子X（氟、氧、氮等）共价结合的氢,如与负电性大的原子Y（与X相同的也可以）接近,在X与Y之间以氢为媒介,生成X-H…Y形的键.这种键称为氢键.氢键的结合能是2—8千卡（Kcal）.因多数氢键的共同作用,所以非常稳定.在蛋白质的a-螺旋的情况下是N-H…O型的氢键,DNA的双螺旋情况下是N-H…O,N-H…N型的氢键,因为这样氢键很多,因此这些结构是稳定的,此外,水和其他溶媒是异质的,也由于在水分子间生成O-H…O型氢键.因此,这也就成为疏水结合形成的原因.氢键是一种比分子间作用力稍强的相互作用.