1、has gone to 强调的是某人不在现场（本句中即为Tom's father不在这里在Japan）
has been to 指的是曾经到过某地 根据句意,B错.
has been in 强调去某地多长时间了.
回到题目,它说的是Tom想念他爸爸,因为爸爸已经去了日本两年了,这强调的是两年时间之长,而不是强调爸爸不在现场,所以是C.
2、sound是一个感官动词,感官动词后面加形容词.
softly是一个副词,所以A有误.
beautiful是形容词,即选B.
well有做形容词和副词.但做形容词是专指身体好,根据题意,C排除.（做副词的话范围就广了,就解释为好地）
所以选B.