解题思路：基因自由组合定律：位于非同源染色体上的非等位基因的分离或自由组合是互不干扰的；在减数分裂过程中，同源染色体上的等位基因彼此分离的同时，非同源染色体上的非等位基因自由组合．
（1）已知：豌豆种子子叶黄色（Y）对绿色为显性，形状圆粒（R）对皱粒为显性；由性状的统计结果图示可知：圆粒与皱粒的比是3：1，因此亲本的基因型是Rr×Rr；黄色与绿色的比是1：1，亲本的基因型是Yy×yy；所以亲本的基因型为YyRr×yyRr．
（2）基因型为YyRr×yyRr的黄色圆粒和绿色圆粒豌豆进行杂交，后代F1的基因型是YyRR、YyRr、YyRr、Yyrr、yyRR、yyRr、yyRr、yyrr；表现为：黄色圆粒、黄色圆粒、黄色圆粒、黄色皱粒、绿色圆粒、绿色圆粒、绿色圆粒、绿色皱粒；共四种表现型，其中黄色皱粒和绿色皱粒为非亲本类型，所占比例是1/4；F1中纯合体的基因型是yyRR或yyrr．
（3）由第（2）题可知：F1中黄色皱粒豌豆的基因型是Yyrr，其与绿色皱粒豌豆（yyrr）杂交，则F2的基因型是Yyrr和yyrr两种，比例为1：1，因此F2中纯合体所占的比例为1/2．
故答案为：（1）YyRr×yyRr
（2）1/4；yyRR或yyrr
（3）Yyrr；1/2
点评：
本题考点： 基因的显性和隐性以及它们与性状表现之间的关系．
考点点评： 本题考查基因分离定律和基因自由组合定律的应用，解答这一类题目，一般是把两对等位基因分开，一对一对地加以考虑，然后再把两部分结果组合起来．