解题思路：根据牛奶中含有丰富的钙、镁和它们在人体的吸收可知，钙、镁主要是以无机盐的形式存在，则指元素．
A、人体能对无机盐中的钙、镁离子吸收，则这里的钙、镁指的是元素，故A正确；
B、原子不能单独存在于牛奶中，也不能吸收原子，故B错误；
C、不存在钙、镁的分子，故C错误；
D、离子不能单独存在于牛奶中，主要以无机盐存在，且指的是含钙、镁元素的无机盐，故D错误；
故选A．
点评：
本题考点： 分子、原子、离子、元素与物质之间的关系．
考点点评： 本题考查牛奶中的营养元素的存在形式，学生应熟悉牛奶有营养的原因及成分，加强化学与生活的联系，注重以生活中的化学知识来考查学生对知识的掌握．