解题思路：线粒体是细胞进行有氧呼吸的主要场所，叶绿体是绿色植物能进行光合作用的细胞含有的细胞器，是植物细胞的“养料制造车间”和“能量转换站”．高尔基体对来自内质网的蛋白质加工，分类和包装的“车间”及“发送站”． 核糖体是蛋白质合成的场所，它是由RNA和蛋白质构成的，具有特定的空间结构．
A、线粒体基质和叶绿体基质所含酶的种类不相同；线粒体基质含的是与有氧呼吸有关的酶，叶绿体基质含的是与光合作用暗反应有关的酶，A错误；
B、高尔基体主要是对来自内质网的蛋白质进行加工、分类和包装的“车间”及发送站，B错误；
C、线粒体是细胞进行有氧呼吸的主要场所，是细胞的“动力车间”，细胞生命活动所需要的能量，大约95%来自线粒体，C错误；
D、核糖体是合成蛋白质的细胞器，它具有特定的空间结构，D正确．
故选：D．
点评：
本题考点： 线粒体、叶绿体的结构和功能；细胞器中其他器官的主要功能．
考点点评： 本题考查细胞器的结构与功能，主要考查考生对基础知识的理解、应用的能力．