元素可以说是个宏观的方面,就是说它指的大类,比如说氧元素,它可以存在任何含有氧的物质中.原子、分子、离子是微观的问题.分子是由原子构成的.拿例题给你讲吧,这样清楚明了.
例如CO2
你可以说CO2含有氧元素和碳元素,也可以说CO2由二氧化碳分子组成.但是讲到原子的时候必须是指明什么什么分子中含有多少某原子.比如1个CO2分子中含有1个碳原子和2个氧原子.同理,讲到什么分子,你必须回答含有什么原子.
你刚上初三,对离子的认识应该不深,离子是原子经过得失电子之后形成的微粒.它是带带的,分为带正电的阳离子和带负电的阴离子.Na+（+在右上角）Cl-（-在右上角） Mg2+（2+均在右上角）等等.鉴于你刚上初三,不会问你一些关于那些物质由离子构成之类的.
原子、分子、离子均可以直接构成物质.记住这句话就可以了.
因为不知道你是哪个版本的教材,没办法帮你整理知识,只能把它们之间的关系告诉你.希望能帮到你.