A、反应前的两个分子构成相同属于同一种分子，因此反应物为一种物质；生成的三个分子中，其中有两个分子构成相同为同种分子，而另一种分子的构成与这两个分子不同，属于另一种物质的分子，因此，生成物为两种物质；一种物质反应后生成两种物质的反应为分解反应而不是化合反应；故A不正确；
B、反应前水分子由氢、氧原子构成；反应生成的氢气分子、氧气分子分别则氢原子和氧原子构成；因此，反应前后原子种类没变，可确定反应前后元素种类不变；故B正确；
C、由微观示意图可发现，在变化前后原子没有改变，变化过程只是原子重新组合成新的分子的过程；因此，化学变化过中原子是最小的微粒；故C正确；
D、氢气由氢分子构成，因此氢气的化学性质由氢分子保持；故D正确；
故选A．