解题思路：一个染色体上有两个或一个DNA分子，每个DNA分子上有许多基因，基因是有遗传效应的DNA片段，有成百上千个核苷酸．基因控制生物的性状，可以通过控制酶的合成影响生化反应间接控制生物的性状，也可以通过控制蛋白质的空间结构直接控制生物的性状；基因在染色体上呈线性排列，基因与染色体存在平行关系．据此分析解答．
A、一个DNA分子包含许多个基因，A正确；
B、基因是有遗传效应的DNA片段，含有成百上千个脱氧核苷酸，B错误；
C、密码子存在于mRNA上，C错误；
D、DNA除了有基因以外，还存在许多没有遗传效应的片段，并不是基因的简单集合，D错误．
故选：A
点评：
本题考点： 基因与性状的关系；遗传信息的转录和翻译．
考点点评： 此题主要考查性状与生物性状之间的关系，需要牢固识记基础知识，难度适中．