一）正置显微镜
1、安放
右手握住镜臂,左手托住镜座,使镜体保持直立.桌面要清洁、平稳,要选择临窗或光线充足的地方.单筒的一般放在左侧,距离桌边3～4厘米处.
2、清洁
检查显微镜是否有毛病,是否清洁,镜身机械部分可用干净软布擦拭.透镜要用擦镜纸擦拭,如有胶或粘污,可用少量二甲苯清洁之.
3、对光
镜筒升至距载物台1～2厘米处,低倍镜对准通光孔.调节光圈和反光镜,光线强时用平面镜,光线弱时用凹面镜,反光镜要用双手转动.
若使用的为带有光源的显微镜,可省去次步骤,但需要调节光亮度的旋钮.
4、安装标本
将玻片放在载物台上,注意有盖玻片的一面一定朝上.用弹簧夹将玻片固定,转动平台移动器的旋钮,使要观察的材料对准通光孔中央.
5、调焦
调焦时,先旋转粗调焦旋钮慢慢降低镜筒,并从侧面仔细观察,直到物镜贴近玻片标本,然后左眼自目镜观察,左手旋转粗调焦旋钮抬升镜筒,直到看清标本物像时停止,再用细调焦旋钮回调清晰.
操作注意：不应在高倍镜下直接调焦；镜筒下降时,应从侧面观察镜筒和标本间的间距；要了解物距的临界值.
若使用双筒显微镜,如观察者双眼视度有差异,可靠视度调节圈调节.另外双筒可相对平移以适应操作者两眼间距.
6、观察
若使用单筒显微镜,两眼自然张开,左眼观察标本,右眼观察记录及绘图,同时左手调节焦距,使物象清晰并移动标本视野.右手记录、绘图.
镜检时应将标本按一定方向移动视野,直至整个标本观察完毕,以便不漏检,不重复.
光强的调节：一般情况下,染色标本光线宜强,无色或未染色标本光线宜弱；低倍镜观察光线宜弱,高倍镜观察光线宜强.除调节反光镜或光源灯以外,虹彩光圈的调节也十分重要.
（1）低倍镜观察
观察任何标本时,都必须先使用低倍镜,因为其视野大,易发现目标和确定要观察的部位.
（2）高倍镜观察
从低倍镜转至高倍时,只需略微调动细调焦旋钮,即可使物像清晰.
使用高倍镜时切勿使用粗调焦旋钮,否则易压碎盖玻片并损伤镜头.
转动物镜转换器时,不可用手指直接推转物镜,这样容易使物镜的光轴发生偏斜,转换器螺纹受力不均匀而破坏,最后导致转换器就会报废.
（3）油镜的观察
先用低倍镜及高倍镜将被检物体移至视野中央后,再换油镜观察.油镜观察前,应将显微镜亮度调整至最亮,光圈完全打开.
使用油镜时,先在盖玻片上滴加一滴香柏油（镜油）,然后降低镜筒并从侧面仔细观察,直到油镜浸入香柏油并贴近玻片标本,然后用目镜观察,并用细调焦旋钮抬升镜筒,直到看清标本的焦段时停止并调节清晰.
香柏油滴加要适量.油镜使用完毕后一定要用擦镜纸沾取二甲苯擦去香柏油,并再用干的擦镜纸擦去多余二甲苯.
7、结束操作
观察完毕,移去样品,扭转转换器,使镜头V字型偏于两旁,反光镜要竖立,降下镜筒,擦抹干净,并套上镜套.
若使用的是带有光源的显微镜,需要调节亮度旋钮将光亮度调至最暗,再关闭电源按钮,以防止下次开机时瞬间过强电流烧坏光源灯.
（二）倒置显微镜
倒置显微镜与正置显微镜的主要区别在于物镜位于载物台下方,这样有利于观察时在上方对样品进行一些实时操作.
倒置显微镜操作过程基本与双筒的正置显微镜相似,需注意以下几点：
观察时可调节铰链式双目目镜至舒适的位置.
组织培养液或水溅到载物台上、物镜上或显微镜镜架上可能会损伤设备.如果溅上后,应该立即从墙上插座拔下电源线,擦去溅出液或水.
一定要轻柔转动光强调节钮,不要试图将旋钮转过终点位置.使用后一定要先将灯的强度调至最小再关电源.
使用后要旋转三孔转换器,使物镜镜片置于载物台下侧,防止灰尘的沉降.
（三）实体显微镜
又称体视显微镜或解剖显微镜.操作步骤基本和双筒正置显微镜类似：
取用解剖镜时,移动需用双手,保持稳重.若需连镜箱搬动,应将镜箱锁好,同时镜箱的钥匙必须拔除.
镜管上若有防尘罩,应取下并换上目镜及眼罩.
将样品置于玻片上或蜡盘中再放到载物盘上待观察.拧开锁紧螺丝,把镜体先上升到一定高度,然后锁紧镜体.
观察前可先转动目镜管以适合眼间距.双眼视度差异可用视觉圈调节.
对焦时,转动升降螺丝不能太快或强行扭转,谨防损坏齿轮.
如需放大观察,再转动倍率盘直到所需放大倍率.物像越大,光线越暗,必须调好光源选择好背景物.
用毕后,先将载物盘上的东西拿走,松开锁紧螺丝将镜体放下并锁紧.取出目镜并换上防尘罩.将元件全部放回,注意不要与其它镜互换.用布把镜身擦干净,放入镜箱内,锁紧镜箱.