解题思路：生态农业是一个农业生态经济复合系统，将农业生态系统同农业经济系统综合统一起来，以取得最大的生态经济整体效益．它也是农、林、牧、副、渔各业综合起来的大农业，又是农业生产、加工、销售综合起来，适应市场经济发展的现代农业．生态工程的基本原理有物质循环再生原理、物种多样性原理、协调与平衡原理、整体性原理和系统学和工程学原理．建立该人工生态系统的目的是实现对能量的多级利用，提高能量的利用率，减少环境污染．
A、该生态系统经过能量多级利用，提高了系统总能量利用效率，A正确；
B、该生态系统的分解者是蝇蛆和蚯蚓，促进了系统中物质循环，不能促进能量流动，B错误；
C、流经该生态系统的总能量是生产者固定的太阳能，合理使用农家肥促进植物的光能利用率，故可提高流经该生态系统的总能量，C正确；
D、该生态系统遵循了“物质循环再生”的原理，但各营养级之间的能量传递效率并未提高，D正确．
故选：B．
点评：
本题考点： 生态农业工程；生态工程依据的生态学原理．
考点点评： 本题主要考查学生的分析和理解能力．要注意：（1）生态工程实例的模式各具特色，关键是理解其中运用的主要生态工程原理．（2）进行生态工程建设时，应该积极利用自然生态系统强大的自我恢复力，节省投资．（3）生态工程的恢复作用是有限的，不能误认为只要有生态工程就可以走发达国家“先污染、破坏，后治理”的老路．