DNA分子特性和电泳条件.
⑴DNA分子大小 DNA分子越大在胶中的摩擦阻力就越大,泳动也越慢,迁移速率与线状DNA分子质量的对数值成反比.
⑵DNA分子构型 对于质粒DNA分子即使具有相同分子质量,因构型不同也会造成电泳时受到的阻力不同,最终造成泳动速率的不同.常规电泳中质粒DNA分子的3种构型泳动速率：超螺旋最快、线状分子次之,开环分子最慢.
⑶不同的胶浓度 对于同种DNA分子胶浓度越高,电泳速率越慢.不同胶浓度对于DNA片段呈线性关系有所区别,浓度较稀的胶线性范围较宽,而浓的胶对小分子DNA片段呈现较好的线性关系.所以常规实验中对于小片段DNA分子的分离采用高浓度的胶分离（有时甚至用2％的凝胶）,而对于分离大片段则用低浓度的凝胶.
⑷电场强度
⑸溴化乙锭 简称EB,电泳中的染色剂,具有扁平结构,能嵌入到DNA碱基对间,对线状分子与开环分子影响较小而对超螺旋态的分子影响较大.当DNA分子中嵌入的EB分子逐渐增多时,原来为负超螺旋状态的分子开始向共价闭合环状转变,电泳迁移速度由快变慢；当嵌入的EB分子进一步增加时,DNA分子由共价闭合环状向正超螺旋状态转变,这时电泳迁移速率又由慢变快.这个临界点的游离EB质量浓度为0.1g/ml~0.5g/ml,即电泳时所加的浓度.因此一般电泳可以忽略此因素,而对于特殊电泳,消除此因素影响可采用电泳后染色.
⑹电泳缓冲液