解题思路：1、伴X隐性遗传病的特点：（1）隔代交叉遗传；（2）男患者多于女患者；（3）母病父子病，男子母女正．
2、基因突变不一定会引起生物性状的改变，原因有：
①体细胞中某基因发生改变，生殖细胞中不一定出现该基因；
②若亲代DNA某碱基对发生改变而产生隐性基因，隐性基因传给子代，子代为杂合子，则隐性性状不会表现出来；
③不同密码子可以表达相同的氨基酸；
④性状是基因和环境共同作用的结果，有时基因改变，但性状不一定表现．
3、现代生物进化理论的基本观点：种群是生物进化的基本单位，生物进化的实质在于种群基因频率的改变．；突变和基因重组产生生物进化的原材料；自然选择决定生物进化的方向；隔离是新物种形成的必要条件．
A、位于一对同源染色体上的多对等位基因，它们遵循基因分离规律，但不一定遵循自由组合规律，A错误；
B、若M表示伴X隐性遗传，母亲患病，则儿子一定患病，B错误；
C、由于密码子的简并性等原因，基因突变不一定会改变生物的性状，C错误；
D、生物进化的实质是种群基因频率的改变，若M表示生物的进化，则N表示基因频率的改变，D正确．
故选：D．
点评：
本题考点： 基因频率的变化；基因的分离规律的实质及应用；基因的自由组合规律的实质及应用；伴性遗传；基因突变的特征．
考点点评： 本题考查遗传定律、人类遗传病、基因突变和生物进化的相关知识，要求考生掌握遗传定律的适用范围；识记人类遗传病的特点；识记基因突变的概念，掌握基因突变与性状改变之间的关系；识记现代生物进化理论的主要内容．