我读高一时也曾为它困惑过，不过高一结束时参加了一次物理竞赛，在竞赛过程中以计算题的形式把这个问题解决了。
就子弹和木块这一个系统而言，系统机械能的减少量等于系统内能的增加量。在此，系统的机械能为子弹和木块的动能之和。
木块对子弹的摩擦力对子弹做负功，使子弹的动能减少，木块对子弹的摩擦力做了多少负功，子弹的动能就减少多少；子弹对木块的摩擦力对木块做正功，使木块的动能增加，子弹对木块的摩擦力做了多少正功，木块的动能就增加多少；
因为子弹和木块有相当位移，所以摩擦力对子弹做的负功和对木块做的正功之和不为零，二者之和为负，该值为
-（子弹和木块之间的摩擦力*子弹和木块的相对位移）
也就是子弹和木块组成的系统的内力（摩擦力）做负功，所以系统机械能减少，内能增加，其中机械能的减少量等于内能的增加量。
考虑到此，该题A答案是正确的。