解题思路：细胞质指细胞膜以内，细胞核以为的部分，包括细胞质基质和细胞器．
A、呼吸作用的第二阶段能产生C02，场所是线粒体基质，A正确；
B、胃蛋白酶的本质是蛋白质，其合成场所是核糖体，B正确；
C、mRNA的合成，主要场所是细胞核，其次是线粒体，而细胞核不属于细胞器，C错误；
D、ATP的生成场所是细胞质基质、线粒体，D错误．
故选：A、B．
点评：
本题考点： 细胞呼吸的过程和意义；细胞器中其他器官的主要功能．
考点点评： 本题考查细胞器的功能；意在考查考生理解能力和分析与综合运用能力．
（2009•韶关一模）下列有关人体细胞内的化学反应，肯定在细胞器中进行的是（ ）