解题思路：由集合A有一个元素为-3，根据两集合的交集中元素为-3，得出集合B中必然有一个元素为-3，分别令集合B中的元素等于-3列出关于a的方程，求出方程的解，经过检验即可得到a的值．
∵A={a2，a+1，-3}，B={a-3，2a-1，a2+1}，若A∩B={-3}，
∴a-3=-3或2a-1=-3或a2+1=-3，
解得：a=0或a=-1，
将a=0代入得：A={0，1，-3}，B={-3，-1，1}，此时A∩B={1，-3}，不合题意；
将a=-1代入得：A={1，0，-3}，B={-4，-3，2}，此时A∩B={-3}，满足题意，
则a=-1．
故选：B．
点评：
本题考点： 交集及其运算．
考点点评： 此题考查了交集及其运算，熟练掌握交集的定义是解本题的关键．