解题思路：1、基因工程：是指按照人们的意愿，进行严格的设计，并通过体外DNA重组和转基因等技术，赋予生物以新的遗传特性，从而创造出更符合人们需要的新的生物类型和生物产品．
2、基因工程技术的基本步骤：
（1）目的基因的获取：方法有从基因文库中获取、利用PCR技术扩增和人工合成．
（2）基因表达载体的构建：是基因工程的核心步骤，基因表达载体包括目的基因、启动子、终止子和标记基因等．
（3）将目的基因导入受体细胞：根据受体细胞不同，导入的方法也不一样．将目的基因导入植物细胞的方法有农杆菌转化法、基因枪法和花粉管通道法；将目的基因导入动物细胞最有效的方法是显微注射法；将目的基因导入微生物细胞的方法是感受态细胞法．
（4）目的基因的检测与鉴定：分子水平上的检测：①检测转基因生物染色体的DNA是否插入目的基因--DNA分子杂交技术；②检测目的基因是否转录出了mRNA--分子杂交技术；③检测目的基因是否翻译成蛋白质--抗原-抗体杂交技术．个体水平上的鉴定：抗虫鉴定、抗病鉴定、活性鉴定等．
A、基因工程能按照人们的意愿定向改变生物的遗传性状，A正确；
B、构建重组DNA分子时，首先需要用限制酶切割含有目的基因的外源DNA分子和运载体，其次还要用DNA连接酶将目的基因和运载体连接形成重组DNA分子，B正确；
C、质粒是基因工程中常用的运载体，其化学本质是能自主复制的小型环状DNA，C错误；
D、科学家首先利用基因工程技术将目的基因导入棉花体细胞，其次再利用植物组织培养技术将受体棉花细胞培养成转基因棉花植株，D正确．
故选：C．
点评：
本题考点： 基因工程的原理及技术．
考点点评： 本题考查基因工程的原理及技术，要求考生识记基因工程的概念、原理及意义，掌握基因工程的操作工具及具体操作步骤，了解基因工程的相关应用，能结合所学的知识准确判断各选项．